Da J.C. Jacobsen genopfører bryggeriet, benytter han lejligheden til at modernisere bryggeriet igen. Han installerer et kølesystem, som forbedrer produktkvaliteten, og det fører til et stort spring i salget. På samme tidspunkt vender J.C. Jacobsens søn Carl hjem fra en studierejse i Europa, hvor han har studeret brygge-teknikker.

Ny Carlsberg kommer til verden
Carl får mulighed for at brygge sin egen øl i en nyopført sidebygning til Carlsberg. Han kalder det for Ny Carlsberg. Carl forsøger at møde den stigende efterspørgsel efter øl ved at udnytte kapaciteten til det yderste og halvere bryggeprocessen. På blot 10 år overstiger salget på Carls bryggeri faderens på Gamle Carlsberg.

Familiestrid
Carl sælger sin øl under Carlsberg-navnet. Til hans fars store utilfredshed har den dog en en langt kortere lagringsproces. Dette starter en langvarig strid mellem far og søn. J.C. Jacobsen får sine advokater til at nægte Carl adgang til dele af bryggeriet og begrænser dermed hans lagerkapacitet. Han forsøger endda at få Carl til at ændre navnet på hans bryggeri og at sikre sig rettighederne til designet på etiketterne, så de ikke kan bruges af Carl, men Carl vil ikke følge faderens krav. De to forenes først kort før faderens død i oktober 1886.

1904: Den første Carlsberg pilsner  

Den danske arkitekt og kunstner, Thorvald Bindesbøll får til opgave at designe den etiket, som kommer til at tegne Carlsberg Pilsners udtryk helt frem til i dag. Samme år får Carlsberg som det første bryggeri i Danmark den ærefulde betegnelse Kongelig Leverandør til det Danske Hof. De naturlige ingredienser i øl bliver symboliseret på etiketten ved det ikoniske humleblad.

Kunst får en fremtræden plads
Omgivelserne omkring bryggeriet var vigtige for både J.C. Jacobsen og Carl. Begge havde den overbevisning at smukke omgivelser ligesom højnede ånden. De ønskede at eksperimentere med nye arkitektoniske strømninger i opførelsen af deres industrielle bygninger og stræbte efter at skabe et æstetisk bryggeri.

Et æstetisk bryggeri
Carl ville gerne bevise, at en skorsten godt kunne være smuk, og i 1900 fik han opført Carlsbergs kendte snoede skorsten. Stjerneporten ved den originale indgang bærer symbolet for den 12-takkede stjerne, som er symbolet for Gamle Carlsberg. Elefantporten er i dag det mest kendte bygningsværk på grunden. Elefanterne symboliserer Carls fire børn. Jacobsen valgte elefanten som symbol, fordi den symboliserede styrke og loyalitet, hvilket var et perfekt match til hans motto, der står over elefanterne - Laboremus Pro Patria (Arbejde for fædrelandet).

I 2008 flytter Carlsberg hovedparten af ølproduktionen til Fredericia. En stor del af Carlsberg-grunden bliver solgt til ejendomsselskabet Carlsberg Byen P/S. På baggrund af en stor udviklingsplan for området, vil der over de kommende 8-10 år vokse en helt ny bydel frem i hjertet af København på Carlsbergs grund. Den har fået navnet Carlsberg Byen og kommer til at indeholde ca. 3.000 boliger, mange spændende butikker, erhverv og kulturinstitutioner. I 2016 åbnede blandt andet en ny S-togsstation som hedder Carlsberg Station, uddannelsesinstitutionen Metropol med 10.000 studerende åbnede og samtidig flyttede også de første beboere ind i det nye kvarter.

I forbindelse med oprydning i de gamle lagringskældre under Carlsberg blev der for nogle år siden fundet et parti lagerøl fra 1883 med originalt indhold. Det viste sig, at flaskerne indeholdt den oprindelige rendyrkede gær fra 1883, og at denne kunne vækkes til live og bruges på ny. Resultatet blev at Carlsbergs Laboratorium kunne genbrygge verdens første kvalitetsøl efter samme metode, samme recept og med samme oprindelige gærstamme, som den autentiske 1883 udgave.